《本草纲目》是明代医药学家李时珍撰写的一部著名药物学专著，其中不乏对花的论述。作为中药，花卉的直接贡献是在对疾病的预防、治疗、康复上。在这部52卷的著作中，有26卷中包含有与花木相关的内容，其中涉及的花类药物接近100种，约占全部植物类药物的1/10，其用途几乎遍及临床各科。
　　用于内科系统疾病治疗的有：菊花、红花、木槿花、郁金香、鸡冠花、凌霄花、槐花、芫花、檗花、山慈姑花、羊踯躅花等，治病范围涵盖头痛、咳嗽、呕吐、呃逆、噎膈、心痛、胸痹、郁症、风痫、消渴、水肿、淋证、痢疾、便秘、中暑等几十种疾病。
　　用于外科系统疾病治疗的有：野菊花、金银花、月季花、红花、山丹花、鸡冠花、紫荆花、葵花、栗花、莲花、李花、桃花、梨花、槐花、芫花、木瓜花、樱桃花、辛夷花、旋覆花、蒺藜花等，治病范围涵盖疮疡肿毒、瘰疬痈疽、白秃头疮、面浮腮肿、乳头皲裂、痔漏脱肛等疾病。
　　用于妇科系统疾病治疗的有：凌霄花、紫薇花、丁香花、栀子花、红花、芫花、松花、鸡冠花、景天花、扁豆花、槐花、李花、桃花等，治疗范围涉及“经、带、胎、产”疾患中的方方面面。
　　用于儿科系统疾病治疗的有：旋覆花、凌霄花、红花、丽春草花、山胭脂花、山石榴花、黄蜀葵花、曼陀罗花、干漆花等，治疗范围包括小儿眉癣、聤耳、木舌、解颅、拒乳、黄疸、慢惊风等。
　　此外，《本草纲目》中还有用白菊花、枇杷花、辛夷花、丁香花、红花、谷精草花、密蒙花、青桐子花、鸡舌香花等，可治疗目疾、喉疾、鼻疾、齿疾等多科疾病。
　　中医对花的用法也非常考究，内服的包括水调服、嚼咽、蒸汁服、捣汁服、米饮服下、乳汁送下、蜜调下、醋和下、汤调下、酒调下等30多种；外用的包括涂、埋、擦、贴、敷、佩、纳、含、揩、吹、染、熏、洗、点、浴等20多种。还有内服与外用相结合的，如以野菊花连叶捣烂后酒煎服，以渣敷之，治痈疽疔肿；以金凤花等煎汤洗浴，同时内服独活寄生汤，治疗风湿卧床不起；以温酒送服凌霄花、地龙治疗大风疠疾，先以药汤浴过，再服此药令汗出等。